Como periodista, Javier Alfaya ha desarrollado a lo largo de su vida una importante labor en prensa española y extranjera. Fue redactor de revistas progresistas o de izquierda como Triunfo, Mundo Obrero y La Calle, y colaborador en diarios como El País, El Mundo,1 El Independiente. También ha trabajado en publicaciones culturales como Cuadernos para el Diálogo, Letra Internacional, Ínsula, A Nosa Terra y Revista de Occidente. En el marco internacional, colaboró con "Le Monde Diplomatique".
Como traductor y en colaboración con su compañera y su hijo, Bárbara McShane y Javier Alfaya McShane, han trasladado al castellano obras de Joseph Conrad, Graham Greene, Nadine Gordimer, Ernest Hemingway, Gerald Durrell, Iris Murdoch, Isak Dinesen, Isaac Asimov, George Steiner y Salman Rushdie, entre otros.
En otoño de 2011 hizo donación a la Biblioteca Nacional de España de un legado de correspondencia mantenida con diversos escritores españoles y extranjeros como Vicente Aleixandre, Manuel Andújar, Paul Preston, Manuel Tuñón de Lara o Juan Goytisolo, así como de compositores y musicólogos como Hans Werner Henze o Henri Dutilleux.2