Hijo de Pedro Mardones, panadero, y Violeta Lemebel, nació "literalmente en la orilla del Zanjón de la Aguada" y "vivió en medio del barro" hasta que, a mediados de los años sesenta, "su familia se mudó a un conjunto de viviendas sociales en avenida Departamental".
Estudió en un liceo industrial donde se enseñaba forja de metal y mueblería y, después, en la Universidad de Chile, donde se tituló de profesor de Artes Plásticas. Trabajó en dos liceos, de los cuales fue despedido en 1983 "presumiblemente por su apariencia, ya que no hacía mucho esfuerzo por disimular su homosexualidad".
En sus libros aborda fundamentalmente la marginalidad chilena con algunas referencias autobiográficas. Su estilo irreverente, barroco y kitsch lo ha hecho conocido en toda hispanoamérica. Gay declarado, explica el cambio de su nombre así: "El Lemebel es un gesto de alianza con lo femenino, inscribir un apellido materno, reconocer a mi madre huacha desde la ilegalidad homosexual y travesti".